El Volumen II de La Iglesia de 1986 constituye un registro especialmente importante de la vida de la Iglesia colombiana después de la visita apostólica de Juan Pablo II, y de la respuesta de la Arquidiócesis de Bogotá a los desafíos pastorales y sociales del país. El volumen reúne numerosos documentos del Romano Pontífice, entre ellos la encíclica Dominum et vivificantem sobre el Espíritu Santo, la Constitución Apostólica Spirituali Militum Curae sobre la asistencia espiritual a los militares, catequesis sobre la creación y la providencia divina, homilías, discursos y mensajes sobre la paz, la familia, las vocaciones, las comunicaciones sociales y la aplicación del Concilio Vaticano II. Tiene particular relevancia la documentación relacionada con la visita apostólica de Juan Pablo II a Colombia, que ocupa un amplio espacio del volumen: sus intervenciones en Bogotá, Medellín, Bucaramanga, Cartagena, Barranquilla, Cali, Popayán, Tumaco y Chiquinquirá, junto con sus palabras a los trabajadores, los indígenas, los jóvenes, los religiosos y los obispos, además de sus mensajes ante las tragedias de Chinchiná y Armero. Paralelamente, la publicación conserva documentos de la Conferencia Episcopal de Colombia que permiten leer el impacto de aquella visita sobre la realidad nacional: el episcopado habla de nueva evangelización y civilización del amor, manifiesta su preocupación por la violencia, el terrorismo, el secuestro, el narcotráfico y la pobreza, y reafirma el compromiso de la Iglesia con los sectores más necesitados y con la defensa de la vida. En el plano doctrinal aparecen además documentos sobre las comunidades eclesiales de base, el matrimonio civil y el divorcio, la defensa de la vida y las discusiones teológicas contemporáneas, incluida la nota de la Comisión Episcopal Española sobre determinados planteamientos que, a juicio de los obispos, podían afectar la doctrina y la comunión eclesial. Para la historia institucional de Bogotá resulta especialmente valiosa la sección dedicada a la Arquidiócesis, que reúne decretos, nombramientos y actos de gobierno de monseñor Mario Revollo Bravo: creación de las parroquias de San Sebastián, Nuestra Señora de Montserrat, San León Magno, Señor de la Columna, Santos Reyes, Cristo Resucitado, Maximiliano Kolbe, Santa María del Prado y la Ascensión del Señor, así como la constitución del Arciprestazgo n.º 31 y la reorganización de los arciprestazgos 18 y 19. También registra nombramientos de vicarios episcopales, arciprestes, responsables de oficinas arquidiocesanas, capellanes, miembros de tribunales y organismos administrativos, además de la incardinación de sacerdotes y la organización del Seminario Mayor. De este modo, este segundo volumen de 1986 resulta particularmente rico para la memoria documental de la Arquidiócesis: junto al eco de uno de los acontecimientos eclesiales más importantes del siglo XX colombiano —la visita de Juan Pablo II— conserva la huella concreta de cómo aquella Iglesia se reorganizaba territorialmente, creaba nuevas parroquias, renovaba sus estructuras pastorales y respondía, desde el Evangelio y la doctrina social, a la violencia, la pobreza y las transformaciones de la sociedad colombiana.
